Tras ser adquirida la ficha del Bajo Cauca por un grupo familiar, en cabeza de José Fernando Salazar Olano, exjugador de fútbol profesional, nació en julio de 2008 el equipo, denominado Corporación Deportiva Itagüí Ditaires, hoy, Águilas Doradas

En 2009 ​el equipo clasificó a la final del Torneo Apertura, luego de ganar en el último juego de la semifinal 1-0 al Expreso Rojo de Zipaquirá, con gol de David Montoya. En el partido de ida jugado en Tuluá, Águilas Doradas cayó derrotado 3-1 frente al Cortuluá. ​ El partido de vuelta disputado en Ditaires, lo ganó Águilas Doradas 2-0, y en la definición por penales los tulueños se impusieron 6-5, frustrando la posibilidad de Itagüí, de asegurar un cupo para jugar por la serie de promoción a final del año.

Durante la mayor parte de la temporada 2010, ​ el equipo dirigido por Álvaro de Jesús Gómez fue líder de la Primera B, lo cual lo llevó a los cuadrangulares semifinales, quedando primero en el grupo A. La final se disputó con el Deportivo Pasto, inició de visitante con un valioso empate 1-1. El 8 de diciembre de 2010 en el partido de vuelta, Águilas Doradas logra su ascenso a la primera división, proclamándose campeón de la Primera A, después de vencer 2-1 al Deportivo Pasto en Itagüí.

En el mismo año, Águilas Doradas llega a la final de la Copa Colombia, eliminando a equipos de primera división como Deportes Tolima, ​ Atlético Nacional​ y Millonarios, estos dos últimos en tiros desde el punto penal.

En la gran final cae a manos del Deportivo Cali con resultados de 0-1 de local y 2-0 de visitante, pero dejando una gran imagen ya que es el primer club de la “Primera B” en alcanzar la final de la Copa Colombia.

Para la temporada 2011 Carlos Mario Hoyos es elegido como nuevo Director Técnico. El debut de Águilas Doradas en la máxima categoría del fútbol colombiano fue el 6 de febrero en el Torneo Apertura 2011, venciendo como local al Independiente Medellín 2-1. ​ En ese primer torneo, Águilas Doradas sumó 24 puntos, quedándose en la undécima casilla, por fuera de la fase final. Termina el proceso del profesor Hoyos.

Para el Torneo Finalización 2011, Álvaro de Jesús Gómez toma de nuevo las riendas de las Águilas, ​ logrando una campaña histórica, en la que se destacó Lionard Pajoy con 10 goles marcados. ​ Al término de la fase todos contra todos, Águilas Doradas obtuvo 30 puntos, clasificando en el segundo lugar a la fase de cuartos de final y alejándose del descenso.

En el torneo apertura 2011, fue designado el entrenador Hernán Torres, logrando una gran campaña que lo llevó a clasificar al grupo de los 8. En la fase final fue eliminado por Independiente Santa Fe. Después de una buena temporada, el técnico Hernán Torres se fue para Millonarios y en su reemplazo fue designado el técnico Leonel Álvarez.

De la mano del estratega Hernán Torres, Águilas Doradas tuvo en el Torneo Apertura 2012​ una gran campaña y clasificó a los grupos finales donde enfrentó a Independiente Santa Fe, La Equidad y Boyacá Chicó. En estos grupos fue eliminado por Independiente Santa Fe, quien finalmente fue campeón después de 37 años de sequía. Gracias a los buenos resultados, el técnico Hernán Torres se fue para Millonarios y en su reemplazo fue designado el técnico Leonel Álvarez.

Para el Torneo Finalización 2012 nació la barra Imperio Dorado, barra oficial de Águilas Doradas. Junto con el técnico Leonel Álvarez, el equipo alcanzó una de sus mejores temporadas, terminando en los primeros puestos de la liga regular y clasificando a los grupos finales donde enfrentó al Independiente Medellín, Atlético Nacional y La Equidad. Fue eliminado de los grupos finales en el último minuto por Independiente Medellín. El entrenador Leonel Álvarez no solo dejó al equipo en los primeros puestos del campeonato y a pocos puntos de llegar a la final, sino que además lo clasificó por primera vez en su historia a la Copa Sudamericana.

En el año 2013​ el técnico encargado fue Jorge Luis Bernal. En el torneo apertura el equipo tuvo un gran rendimiento, consiguiendo 30 puntos y clasificando a las finales con anticipación.

En el Torneo Finalización clasificó a las finales donde quedó eliminado por Atlético Nacional en cuadrangulares. De la mano de su goleador histórico Jorge Aguirre, jugó su primer torneo internacional, la Copa Sudamericana, donde tuvo un gran rendimiento, llegando a cuartos de final, siendo superado por Libertad de Paraguay. El equipo logró ganar los puntos necesarios para un nuevo cupo a la Copa Sudamericana del año 2014. Tras estos exitosos resultados, Jorge Luis Bernal dejó la dirección técnica del equipo.

En la temporada 2014 el equipo es expulsado de Itagüí por el alcalde Carlos Andrés Trujillo; logrando establecerse en la ciudad de Pereira para lo que queda del primer semestre y el resto de año. Dirigido por el Director Técnico Alberto Gamero, el equipo clasifico séptimo en el todos contra todos, pero en cuartos de final quedó eliminado por Atlético Junior. En el Torneo Finalización, queda cuarto en el todos contra todos y en cuadrangulares fue eliminado por Independiente Medellín.

En el año 2015, tras el incumplimiento de los compromisos pactados por la administración de la ciudad de Pereira y el rechazo por parte de la hinchada a un equipo diferente al Deportivo Pereira, Águilas Doradas anida en la ciudad de Rionegro, gracias a Hernán Ospina Sepúlveda, alcalde de la ciudad, quien le regala al municipio la posibilidad de vivenciar las emociones del Fútbol Profesional Colombiano.

En el 2016, la elección de Andrés Julián Rendón como alcalde de Rionegro, ratificó el compromiso de entregarle al Municipio futbol profesional, Águilas Doradas se vistió de rojo en honor a los colores de su bandera.  El primer regalo del Club para la comunidad del oriente antioqueño, fue cambiar la gramilla sintética del estadio Alberto Grisales por grama natural, dotar el campo con un moderno sistema de riego y adecuar los bancos de suplentes.

El segundo regalo, fue armar un plantel sumamente competitivo bajo la dirección del entrenador vallecaucano Néstor “El Matemático” Otero. Un equipo ordenado y con buen fútbol que en la fecha 12 de la Liga Águila-I asumió el primer puesto en la tabla de posiciones.

La gran campaña le permitió al equipo clasificar a la fiesta de los ocho mejores equipos del campeonato y los cuartos de final de Liga Águila I-2016 se convirtieron en una verdadera fiesta donde el rival fue Atlético Nacional. El juego de ida se disputó en el estadio Alberto Grisales el 1 de junio y concluyó con marcador 1 a 1 (anotaciones de Jonathan Álvarez en el minuto 6 y Andrés Ibargüen en el minuto 22). Ese resultado dejaba la llave abierta para el compromiso de vuelta en el estadio Atanasio Girardot, que se disputaba el 5 de junio. La pizarra del tiempo reglamentario finalizó de la misma manera: 1 por 1 (anotaciones de Edinson Palomino en el minuto 19 y de Víctor Ibarbo en el minuto 41).

El resultado obligó a definir desde el punto blanco quién sería el clasificado a las semifinales. La tanda desde los 12 pasos fue emocionante, en nuestro equipo convirtieron Fabio Rodríguez, Yílton Díaz y Luis Páez mientras que el golero rival le atajó a Edinson Palomino y a Javier López. En el cuadro verde anotaron Alexis Henríquez, Arley Rodríguez y Víctor Ibarbo, pero nuestro arquero Pablo Torresagasti detuvo el cobro a Juan Pablo Nieto y Dávinson Sánchez. Con el empate 3 a 3, los nuevos cobradores eran Felipe Chará y Alexander Mejía, ambos la mandaron al fondo de la red y daban paso a Hanyer Mosquera y Sherman Cárdenas para un penal más. Armani le detuvo la pelota a Mosquera y Cárdenas logró embocarla, gol con el que se clasificaría Nacional.

Ese sería el final de nuestra participación en la Liga, que además dejaría a Luis Páez como tercer artillero en la tabla de goleadores con 12 anotaciones, detrás de Miguel Borja (Cortuluá) y Vladimir Hernández (Junior).

El 1 de junio de 2017, se disputó en el estadio Alberto Grisales de Rionegro, el partido por la Copa Sudamericana frente a Racing Club de Avellaneda que terminó igualado 1-1, en la fase de ida, los argentinos que jugaban de local, ganaron el partido con un marcador de 2-1.

El año terminó bajo la dirección técnica de Diego Umaña, aunque el equipo logró resultados importantes en el cierre del año, no fue suficiente para inscribir el nombre de las Águilas doradas en las llaves de cuartos de final.

El año 2018 comenzó con caras nuevas, el profesor Hernán Torres aceptó de nuevo el reto de dirigir el vuelo de las Águilas y en compañía de Carlos Salazar, Darío Sierra y Alejandro Guzmán estructuraron un proyecto que buscaba el primer título para el equipo del oriente antioqueño. Los jugadores Camilo Ayala, Jhonny Vásquez, Leandro Velázquez, Fredy Hinestroza, Humberto Osorio, Omar Vásquez y Jhony Acosta (Jugador mundialista con Costa Rica) también se sumaron al proyecto 2018.

El principal logro del equipo en el año fue obtener el cupo por reclasificación a la Copa Sudamericana 2019.

Este fue sin duda el año más difícil en la historia de Águilas Doradas. En el Torneo Apertura, el cuadro antioqueño terminó en la casilla 19 con 16 unidades, mientras que en el Apertura fue 13 con 24 puntos, aunque tuvo que esperar hasta la última fecha para definir su permanencia en primera división. En Copa Sudamericana tampoco se logró el resultado esperado, pues aunque se logró la clasificación de la primera fase, el equipo cayó ante Independiente de Argentina en segunda ronda.

El año de la pandemia. Ingresa al banquillo el profesor Francesco Stifano y con él ocho refuerzos con la mente puesta en darle la primera estrella al equipo. Sin embargo, en marzo arrancó la cuarentena estricta en el país por el COVID-19. Estuvimos seis meses sin fútbol y los dos torneos que se habían pactado a inicios de año se convirtieron en uno solo.

El 19 de septiembre se reanudó el torneo, ya no buscábamos el cupo entre los cuatro primeros, sino entre los ocho mejores, con un refuerzo de lujo que llegó al Nido Dorado: Christian Marrugo. En el todos contra todos nos quedamos en la puerta de clasificación, siendo novenos con 31 unidades, un punto menos que el octavo.